Академія заснована в 1998 році.
На сьогоднi в Академiї здiйснюється пiдготовка бакалаврiв, спецiалiстiв та магiстрiв за 6-ма i молодших спецiалiстiв за 4-ма спецiальностями. В Академiї дiє центр довузiвської пiдготовки для вступу на денну та заочну форми навчання, проводиться набiр слухачiв до аспiрантури, є можливiсть одержати другу вищу освiту. Академiя має контакти iз зарубiжними вищими навчальними закладами подiбного профiлю. Для випускникiв є можливiсть одержати пiслядипломну освiту за кордоном.
Серед спецiальностей підготовки - традицiйно-базовi для флоту: "Судноводiння" та "Експлуатацiя суднових енергетичних установок". Студенти саме цих спецiальностей в майбутньому, набувши практичного досвiду, стають капiтанами та старшими механiками суден. Академiя здiйснює набiр на третiй курс для осiб, якi мають диплом молодшого спецiалiста відповідного профiлю.
Практична пiдготовка в Академiї для всiх без винятку спецiальностей вiдiграє дуже важливу роль. Серед видiв такої пiдготовки на першому мiсцi стоїть плавальна практика, адже концепцiя навчання в Академiї базується на постулатi - не може бути повноцiнного фахiвця-водника, котрий не уявляв би собi всiх особливостей буденної роботи екiпажу судна. Отож i мандрують щорiчно курсанти i студенти Академiї рiчками i морями, набираючиcь знaнь i доcвiду i мaючи змoгу пpидбати профеciї матроcа, моториcта, рульовогo, бортпpовiдника, опeратора перcонального комп'ютeра i дeякi iншi, дo отpимання диплoму бакалавpа чи спецiалicта